O curso possui núcleos realizando pesquisas em diversas áreas.
O NCC faz parte do Centro Integrado de Desenvolvimento Regional do Ecossistema Costeiro do Extremo Sul do Brasil (CIDEC-SUL). Tal centro multidisciplinar tem por objetivo viabilizar a integração de pesquisadores e grupos de pesquisa de diferentes áreas de conhecimento na FURG, de forma a potencializar as suas ações, facilitando a comunicação (real e virtual), através da utilização de uma infra-estrutura comum e do desenvolvimento de projetos conjuntos. Com ele a Instituição encontra-se dotada de melhores condições para apoiar o desenvolvimento e a sustentabilidade da região em que se insere. É coordenado pelo Prof. Dr. Nelson Lopes Duarte Filho e encontra-se instalado na Sala 202 do Pavilhão 2 do Campus Carreiros da FURG.
O Nautec faz parte do setor de Eletro-Eletrônica do Centro de Ciências Computacionais. Desenvolve projetos nas áres de robótica, automação, ambientes imersivos. Os projetos são desenvolvidos por alunos de graduação e pós-graduação sob orientação da Prof. Dr. Sílvia Silva da Costa Botelho.
O LabSoftE é um laboratório de pesquisa, em produção de software experimental. É coordenado pelo Prof. Dr. André Luís de Castro Freitas. Suas principais áreas de pesquisa são: Engenharia de Software, Bancos de Dados e Processamento Paralelo e Distribuído. Encontra-se sediado no Centro de Ciências Computacionais.